MPS (Massive Parallel Sequencing) – masywne równoległe sekwencjonowanie umożliwia jednoczesny odczyt danych z ogromnej liczby fragmentów DNA. Sekwencjonowane są krótkie odcinki materiału genetycznego. Zaletą MPS jest, że odczyt kolejności ułożenia nukleotydów może być przeprowadzony w próbce zawierającej mieszaninę DNA pochodzącego nie tylko od różnych osobników danego gatunku, ale także od osobników należących do różnych klas organizmów. Dzięki metodom MPS można także sekwencjonować DNA niekompletne czy uszkodzone. Niewielka ilość DNA w próbce nie jest przeszkodą do przeprowadzenia MPS, ponieważ materiał genetyczny przed sekwencjonowaniem jest wielokrotnie powielany (amplifikowany) z wykorzystaniem metody PCR (z ang. Polymerase Chain Reaction, reakcji łańcuchowej polimerazy).

MPS przeprowadza się na nowoczesnych platformach sekwencjonowania nowej generacji (NGS). Wprawdzie odczyt kolejności ułożenia nukleotydów w DNA na platformach NGS wykonywany jest z wykorzystaniem różnych metod, a same platformy różnią się wydajnością sekwencjonowania, ale w każdym przypadku MPS przebiega wg następującego schematu ogólnego:

• pozyskanie DNA z próbek, oczyszczenie, selekcja, stworzenie biblioteki DNA;
• właściwe sekwencjonowanie;
• analiza bioinformatyczna uzyskanych danych – wykorzystuje się do tego celu właściwe dla danego testu algorytmy;
• przedstawienie wyników: graficzne i/lub opisowe.