Panorama
Spis treści
Co to jest test Panorama?
PanoramaTM jest nieinwazyjnym, przesiewowym testem prenatalnym (NIPT ang. Non-Invasive Prenatal Testing). Jak wszystkie badania typu NIPT jest testem całkowicie bezpiecznym zarówno dla matki, jak i płodu. Materiałem poddawanym analizie są próbki krwi obwodowej pobierane od kobiety ciężarnej, a testy przeprowadzane są w oparciu o obecne w jej krwi cfDNA matki, jak i płodu (ang. cell free DNA – wolne pozakomórkowe DNA).
PanoramaTM należy do przesiewowych badań genetycznych, czyli badań, w których określa się ryzyko wystąpienia wybranych zaburzeń genetycznych u płodu.
Test PanoramaTM jest dostępny w 3 wersjach:
- podstawowej (PanoramaTM Basic Prenatal Panel),
- rozszerzonej (PanoramaTM Extended Prenatal Panel)
- pełnej (PanoramaTM Full Prenatal Panel).
Każda z trzech wersji testu weryfikuje płeć dziecka. Ponadto pozwala oszacować ryzyko wystąpienia u dziecka najczęstszych nieprawidłowości chromosomowych, które mogą powodować wady genetyczne, przy czym zakres badanych zaburzeń w zakresie struktury materiału genetycznego dziecka jest różny w zależności od wersji testu:
- test PanoramaTM Basic Prenatal Panel (wersja podstawowa) – nieprawidłowości chromosomowe: trisomia 21 chromosomu (zespół Downa), trisomia 18 chromosomu (zespół Edwardsa), trisomia 13 chromosomu (zespół Patau) oraz triploidie, zaburzenia liczby chromosomów płci: zespół Turnera (monosomia X), zespół Klinefeltera (XXY), zespół Jacobsa (XYY), zespół XXX (trisomia X)
- test PanoramaTM Extended Prenatal Panel (wersja rozszerzona) – obejmuje zakres nieprawidłowości chromosomowych wersji podstawowej oraz dodatkowo mikrodelecję: zespół DiGeorge’a (zespół delecji 22q11)
- test PanoramaTM Full Prenatal Panel (wersja pełna) – bada ryzyko wystąpienia nieprawidłowości chromosowych zawartych w wersji podstawowej oraz dodatkowo test jest poszerzony o 5 zespołów mikrodelecyjnych: zespół DiGeorge’a (zespół delecji 22q11), zespół delecji 1p36, zespół Cri-du-Chat – kociego krzyku (zespół delecji 5p, zespół monosomii 5p), zespół Pradera-Williego (delecja w regionie 15q11.2-q13 chromosomu 15 pochodzącego od ojca), zespół Angelmana (delecja w regionie 15q11.2-q13 chromosomu 15 pochodzącego od matki)
Test w wersji podstawowej oraz rozszerzonej można przeprowadzić również u kobiet w ciąży bliźniaczej, po zapłodnieniu in vitro oraz w ciąży, w której komórka jajowa pochodzi od dawcy.
Metodologia testu PanoramaTM i przebieg badania
Producentem testu PanoramaTM jest firma Natera, Inc. z siedzibą główną w San Jose (USA, Kalifornia). Wersja podstawowa testu została wprowadzona na rynek w marcu 2013 r. Test PanoramaTM, aby zbadać zmiany w sekwencji cfDNA (ang. cell free DNA, wolne pozakomórkowe DNA) wykorzystuje technikę SNP (ang. Single Nucleotide Polymorphism – polimorfizm pojedynczego nukleotydu).
Technika ta umożliwia wykrycie zmiany, insercji bądź delecji jednego nukleotydu w sekwencji DNA, bo tym właśnie jest polimorfizm pojedynczego nukleotydu, czyli w skrócie SNP (ang, Single Nucleotide Polymorphism). Takie polimorfizmy powstają najczęściej na skutek błędów przy replikacji DNA, kiedy to na przykład w wyniku błędu na określonym odcinku DNA jedna zasada azotowa, np. cytozyna, zostanie zastąpiona inną, np. tyminą.
Polimorfizmy pojedynczych nukleotydów występują dosyć często, szacuje się, że w ludzkim genomie jest ok. 10 mln SNP. Uważa się, że SNP stanowią ok. 90% całej zmienności występującej w ludzkim genomie (należy pamiętać, że każdy genom ludzki posiada charakterystyczny dla siebie zbiór różnic, który nazywamy zmiennością genetyczną) i w głównej mierze odpowiadają za indywidualne różnice między ludźmi. Inaczej możemy powiedzieć, że polimorfizm, to jednoczesne występowanie w populacji ludzkiej wielu wariantów/odmian tego samego genu. Różnice te dotyczą m.in. cech fenotypowych (np. kolor skóry, wygląd zewnętrzny, poziom markerów biochemicznych). SNP mogą występować zarówno w sekwencjach kodujących danego genu, jak i w sekwencjach niekodujących oraz w regionach między genami. Jeżeli zmiana w sekwencji zasad azotowych (polimorfizm) występuje w sekwencji kodującej danego genu, może powodować zmiany/różnice w sekwencji aminokwasów białka, które koduje dany gen. W wyniku tego to białko może całkowicie bądź częściowo utracić lub zmienić swoją funkcję, co może być bezpośrednią przyczyną choroby. Przy czym warto podkreślić, że duża część polimorfizmów nie ma wpływu na zdrowie człowieka.
Test PanoramaTM bada w sumie 13392 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) dla chromosomów 21, 18, 13, X i Y. W przypadku gdy kobieta ciężarna zdecyduje się na test PanoramaTM w wersji rozszerzonej o badanie ryzyka wystąpienia zespołu mikrodelecji 22q11 (zespół diGeorge’a) bądź w wersji pełnej (test poszerzony o 5 zespołów mikrodelecyjnych), test bada dodatkowy zestaw SNP, charakterystyczny dla tych 5 zespołów mikrodelecyjnych.
Uzyskane w ten sposób dane są następnie poddawane analizie bioinformatycznej wg algorytmu NATUS (ang. Next-generation Aneuploidy Test Using SNPs). W teście PanoramaTM wolne pozakomórkowe DNA matki (cfDNA) i płodu (cffDNA) są poddawane niezależnej analizie, co redukuje ilość wyników fałszywie pozytywnych. Test PanoramaTM jest jedynym testem na rynku, który różnicuje DNA matki i płodu, jak również indywidualne frakcje płodowe u bliźniąt dwujajowych. Co więcej, zastosowania technika diagnostyczna umożliwia również analizę pod kątem triploidii, zespołu znikającego płodu (ang. vanishing twin syndrome, VTS), zaśniadu groniastego oraz nieprawidłowości genetycznych ze strony matki. Niewykryte nieprawidłowości genetyczne ze strony matki (np., mozaicyzm komórkowy) oraz zespół znikającego płodu mogą niekorzystnie wpływać na wyniki testu NIPT generując tzw. wynik fałszywie pozytywny (otrzymujemy wynik stwierdzający wysokie ryzyko wystąpienia badanej nieprawidłowości genetycznej, podczas gdy dziecko jest zdrowe). Z kolei stany takie jak triploidia czy zaśniad groniasty, a także VTS niezdiagnozowane lub późno zdiagnozowane mogą wiązać się z komplikacjami zdrowotnymi. Efektywność diagnostyczna i kliniczna testu została oceniona w wielu badaniach klinicznych, w których wzięło udział 1,2 mln. kobiet ciężarnych, a ich wyniki zostały opublikowane w 19 publikacjach naukowych.
Czułość testu PanoramaTM wynosi 99% dla nieprawidłowości chromosomowych i 100% dla określenia płci. Określa również zygotyczność bliźniąt (rozróżnienie czy bliźnięta są monozygotyczne, tj. jednojajowe czy heterozygotyczne, tj. dwujajowe), płeć w przypadku ciąż bliźniaczych oraz prawdopodobieństwo wystąpienia nieprawidłowości chromosomów płci u bliźniąt jednojajowych. Test ten charakteryzuje również bardzo niski wskaźnik wyników fałszywie pozytywnych – poniżej 0,1% oraz wyników fałszywie negatywnych 0,6%. Test posiada europejski certyfikat CE-IVD na cały proces technologiczny (wysoka jakość i wiarygodność badania została zwalidowana i potwierdzona).
Test PanoramaTM wykonuje się na zlecenie lekarza. W tym celu należy pobrać niewielką ilości krwi (20 ml) od kobiety ciężarnej. Pobranie krwi nie wymaga specjalnego przygotowywania się, nie musi ono być również wykonywane na czczo. Pobraną krew odwirowuje się, aby uzyskać osocze, z którego izoluje się wolne pozakomórkowe DNA. W następnej kolejności uzyskany materiał genetyczny powiela się (amplifikuje) przy wykorzystaniu technik PCR (ang. Polymerase Chain Reaction – reakcja łańcuchowa polimerazy). Tak przygotowane DNA poddaje się sekwencjonowaniu z użyciem metody SNP, a otrzymane dane poddane są analizie bioinformatycznej przeprowadzanej w oparciu o algorytm NATUS.
Wyniki testu PanoramaTM
Test PanoramaTM wykonywany jest w USA, a czas oczekiwania na wyniki wynosi ok. 10 dni roboczych od momentu przyjęcia próbki przez laboratorium. Stosowane metody pozwalają utrzymać wysoką skuteczność badania przy zawartości frakcji płodowej na poziomie 2,8% lub wyższej.
Przeprowadzając test PanoramaTMBasic Prenatal Panel można określić ryzyko wystąpienia u płodu następujących nieprawidłowości genetycznych:
NIEPRAWIDŁOWOŚCI CHROMOSOMOWE:
- zespół Downa (trisomia 21)
- zespół Edwardsa (trisomia 18)
- zespół Patau (trisomia 13)
- triploidie
ZABURZENIA LICZBY CHROMOSOMÓW PŁCI:
- zespół Turnera (monosomia X)
- zespół Klinefeltera (XXY)
- zespół Jacobsa (XYY)
- zespół XXX (trisomia X)
ROZPOZNANIE PŁCI DZIECKA:
- dziewczynka/chłopiec
W przypadku wersji rozszerzonej testu PanoramaTM (Extended Prenatal Panel) dodatkowo oceniane jest ryzyko wystąpienia zespołu DiGeorge’a (zespół delecji 22q11).
Natomiast przeprowadzając test PanoramaTM w pełnej wersji – Full Prenatal Panel można określić ryzyko wystąpienia u płodu następujących nieprawidłowości genetycznych:
NIEPRAWIDŁOWOŚCI CHROMOSOMOWE:
- zespół Downa (trisomia 21)
- zespół Edwardsa (trisomia 18)
- zespół Patau (trisomia 13)
- triploidie
ZABURZENIA LICZBY CHROMOSOMÓW PŁCI:
- zespół Turnera (monosomia X)
- zespół Klinefeltera (XXY)
- zespół Jacobsa (XYY)
- zespół XXX (trisomia X)
ZESPOŁY DELECYJNE:
- zespół DiGeorge’a (22q11)
- zespół delecji 1p36
- zespół Cri-du-Chat – kociego krzyku (zespół delecji 5p, zespół monosomii 5p)
- zespół Pradera-Williego (delecja w regionie 15q11.2-q13 chromosomu 15 pochodzącego od ojca)
- zespół Angelmana (delecja w regionie 15q11.2-q13 chromosomu 15 pochodzącego od matki)
ROZPOZNANIE PŁCI DZIECKA:
- dziewczynka/chłopiec
TEST PANORAMA określa również:
- ryzyko wystąpienia u płodu triploidii (triploidia to wada, choroba genetyczna , która jest spowodowana obecnością trzeciego zestawu chromosomów w komórkach – nieprawidłowa liczba chromosomów to 2 x 23 chromosomy (w sumie 46), a w triploidii mamy 3 x 23 chromosomy (w sumie 69 chromosomów)
- zygotyczność bliźniąt (jedno- lub dwujajowe)
- wystąpienie zespołu znikającego bliźniaka (VNS, ang. vanishing twin syndrome) – jest to powikłanie ciąży mnogiej związane z obumarciem jednego z płodów na wczesnym etapie ciąży (zwykle 5-9 tydzień ciąży), niewykryty VNS może zaburzyć wyniki testu NIPT
Czułość testu PanoramaTM:
Czułość testu* | Poziom wyników fałszywie dodatnich** | |
Trisomia 21 (zespół Downa) | >99% | 0% |
Trisomia 18 (zespół Edwardsa) | >96% | <0,1% |
Trisomia 13 (zespół Patau) | >99% | 0% |
Monosomia X (zespół Turnera) | >92,9% | <0,1% |
Triploidie | >99% | 0% |
Trisomia chromosomów płci (zespoły: Jacobsa, Klinefertera, XXX) | >99% | <0,1% |
Określenie płci dziecka: chłopiec/dziewczynka | >99,9% | 0% |
Mikrodelecja 22q11 (zespół DiGeorge’a) | >95% | Brak danych |
Pozostałe badane zespoły mikrodelecyjne | >93% | Brak danych |
*Czułość testu określa jaką dany test ma zdolność do wykrywania/rozpoznania choroby, np. w przypadku testu PANORAMATM czułość testu dla trisomii 21 wynosi >99%, co oznacza, że test ten prawidłowo weryfikuje obecność trisomii 21 w ponad 99% przypadków.
**Wynik fałszywie pozytywny określa jakie jest prawdopodobieństwo, że otrzymany wynik wysokie ryzyko nie jest prawidłowy. Tabela pokazuje jaki jest % wyników fałszywie dodatnich dla poszczególnych nieprawidłowości genetycznych.
Otrzymane wyniki testu PanoramaTM powiedzą nam, jaka jest płeć dziecka lub dzieci (w przypadku ciąży bliźniaczej), jaki procent wolnego płodowego DNA wyizolowano oraz jaki jest stopień ryzyka wystąpienia nieprawidłowości chromosomowej dla chromosomów pary 21, 18, 13, chromosomów płci oraz ryzyko triploidii, a przy wyborze testu w wersji rozszerzonej lub pełnej stopień ryzyka wystąpienia badanych zespołów mikrodelecyjnych (zespół DiGeorge’a, zespół delecji 1p36, zespół kociego krzyku, zespół Angelmana i zespół Pradera-Williego).
Dla każdego z tych przypadków wynik podawany jest oddzielnie i określany jako poziom ryzyka niski, wysoki bądź brak wyniku (np. w przypadku niewystarczającej ilości materiału do badania, czyli zbyt niskiego poziomu cffDNA – wolnego pozakomórkowego DNA płodu). Dodatkowo oprócz tak określonego poziomu ryzyka, w wynikach testu znajdziemy określony tzw. współczynnik ryzyka (ang. Risk After Test).
Częściowej informacji na temat poziomu ryzyka, oprócz określenia ryzyko niskie/wysokie, udzieli nam współczynnik Risk After Score. Współczynnik ten odzwierciedla nam tzw. PPV (positive predictive value – dodatnia wartość predykcyjna) oraz NPV (negative predictive value – ujemna wartość predykcyjna) testu dla danego schorzenia. PPV daje informację na ile dany wynik, który został w procesie badania określony jako ryzyko wysokie, daje pewność, że badana osoba jest chora. A z kolei NPV daje informację, na ile dany wynik określony jako niskie ryzyko, daje pewność, że badana osoba nie jest chora.
Analizując na przykładzie:
- jeżeli na przykład wyniki testu PanoramaTM wskazują na wysokie ryzyko wystąpienia trisomii 21, a podany wynik Risk After Test dla tej trisomii wynosi 9/10, to oznacza to, że w 9 na 10 przypadków uzyskany wynik wysokie ryzyko oznacza, że badania osoba rzeczywiście będzie miała trisomię chromosomu 21
- jeżeli na przykład wyniki testu PanoramaTM wskazują na niskie ryzyko wystąpienia trisomii 21, a podany wynik Risk After Test dla tej trisomii wynosi <1/10000, to oznacza to, że w mniej niż 1 na 10000 przypadków przy uzyskanym wyniku niskie ryzyko okazuje się, że badana osoba ma trisomię chromosomu 21.
Pamiętaj, że interpretacja wyników każdego testu NIPT, w tym również testu PanoramaTM powinna zostać wykonana przez lekarza. W przypadku otrzymania wyniku nieprawidłowego (wysokie ryzyko) zaleca się weryfikację poprzez przeprowadzenie inwazyjnych badań prenatalnych polegających na analizie materiału genetycznego pochodzącego z komórek płodu (np. amniopunkcja, biopsja kosmówki, kordocenteza). Jeśli rodzice nie zdecydują się na takie badania, po urodzeniu dziecko kierowane jest do poradni genetycznej, gdzie wykonuje się genetyczne badania kariotypu.
Wskazania i przeciwwskazania do wykonania testu PanoramaTM
Wskazania do wykonania testu PanoramaTM:
- wiek kobiety ciężarnej powyżej 35 lat
- nieprawidłowe wyniki badania USG płodu oraz wyniki testów biochemicznych i związane z tym podejrzenie wystąpienia jednej z trisomii (21, 18, 13)
- urodzenie w poprzedniej ciąży dziecka obciążonego wadą genetyczną
- występowanie w rodzinie nieprawidłowości chromosomalnych
- ciąża po zapłodnieniu pozaustrojowym
- przeciwwskazania do diagnostyki inwazyjnej (np. poronienie zagrażające, łożysko przodujące, wirusowe zapalenie wątroby)
- w sytuacji niepokoju rodziców o zdrowie ich dziecka
Testu PanoramaTM nie wykonuje się w następujących sytuacjach:
- wiek ciąży poniżej 9. tygodni
- ciąża mnoga powyżej 2 płodów (np. ciąża trojacza, czworacza itp.)
- kobieta w ciąży jest po przeszczepie szpiku bądź narządu