Co to jest test Nifty Pro i test Panorama?

Zarówno test Nifty Pro, jak i test Panorama to nieinwazyjne badania prenatalne, często nazywane testami NIPT od angielskiej nazwy non-invasive prenatal testing. Są to genetyczne badania przesiewowe, w których analizowane jest wolne, pozakomórkowe DNA płodowe, tzw. cffDNA (ang. cell free fetal DNA) obecne w krwi kobiety ciężarnej. Test Panorama i Nifty Pro służą do oceny ryzyka wystąpienia wybranych chorób genetycznych u płodu. Do wykonania obu badań potrzebna jest jedynie próbka krwi kobiety w ciąży, co sprawia, że test Panorama i Nifty Pro są bezpieczne zarówno dla matki, jak i dla płodu.

Porównanie testów Nifty Pro i Panorama

Poniższa tabela porównuje różne cechy testu Panorama (w swojej najszerszej wersji – Panorama Full Prenatal Panel) i testu Nifty Pro, w tym m.in.:

• kiedy można wykonać test Panorama i test Nifty Pro
• gdzie wykonywany jest test Panorama i test Nifty Pro 
• jaki jest czas oczekiwania na wynik testu Panorama i testu Nifty Pro
• jakie jest zakres chorób genetycznych, czyli co wykrywa test Panorama i test Nifty Pro
• jaka jest skuteczność, czułość testu Panorama i testu Nifty Pro

Test Nifty Pro a Panorama – jaki jest zakres badanych chorób genetycznych?

Jakie choroby genetyczne wykrywa test Panorama, a jakie test Nifty Pro?

Test Panorama i test Nifty pro różnią się od siebie zakresem wykrywanych chorób genetycznych. 

Test Panorama to badanie w kierunku:

• 3 trisomii: trisomia 21 – zespół Downa, trisomia 18 – zespół Edwardsa, trisomia 13 – zespół Patau
• 4 aneuploidii związanych z chromosomami płci – zespół Turnera, zespół Klinefeltera, zespół Jacobsa, zespół XXX
• 5 delecji / duplikacji: zespół DiGeorge’a, zespół delecji 1p36, zespół Cri du Chat (zespół kociego krzyku), zespół Angelmana / zespół Pradera Williego
• triploidii (choroba genetyczna wynikająca z obecności trzech, a nie dwóch zestawów chromosomów w komórkach – zamiast 46, jest 96 chromosomów, może dotyczyć wszystkich lub części komórek organizmu)

Test NIFTY Pro oznacza:

• 6 trisomii: trisomia 21 – zespół Downa, trisomia 18 – zespół Edwardsa, trisomia 13 – zespół Patau oraz trisomie: 9, 16 i 22 chromosomu
• 4 aneuplodie związane z chromosomami płci – zespół Turnera, zespół Klinefeltera, zespół Jacobsa, zespół XXX,
• 84 delecje /duplikacje o wielkości powyżej 5 Mpz 

W obu testach: Panorama i NIFTY Pro można zbadać płeć płodu. 

Test Nifty Pro a Panorama – różnice i podobieństwa

Test Nifty Pro czy Panorama – jakie są podobieństwa?

Oba testy – test Nifty Pro i test Panorama to nieinwazyjne testy prenatalne, które wykazują porównywalną, wysoką czułość i swoistość w ocenie ryzyka trisomii 21, 18, 13 (zespół Downa, zespół Edwardsa, zespół Patau). Oba testy oznaczają również płeć dziecka oraz analizują ryzyko wystąpienia 4 aneuploidii (zaburzenia liczby) chromosomów płci: zespołu Turnera (monosomia X), zespołu Klinefeltera (XXY), zespołu Jacobsa (XYY), zespół XXX (trisomia chromosomu X). Czas oczekiwania na wyniki obu testów teoretycznie jest porównywalny.   

Test Nifty Pro czy Panorama – jakie są różnice?

Test Panorama można wykonać już od 9. tygodnia ciąży, a Nifty Pro od 10. tygodnia ciąży. Test Nifty pro dodatkowo oprócz trzech najczęściej występujących trisomii 21, 18 i 13, bada również rzadsze trisomie 22, 16 i 9. Oba testy analizują prawdopodobieństwo obecności zespołów delecyjnych / duplikacyjnych u płodu, ale w innym zakresie. Jest to również związane z tym, że inna jest metodologia obu testów. Oba testu analizują wolne, pozakomórkowe DNA płodu lecz innymi technikami. W teście Nifty Pro wykonywane jest sekwencjonowanie genomu z wykorzystaniem technologii Sekwencjonowania Nowej Generacji (NGS, ang. Next Generation Sequencing). Dzięki temu genom płodu jest „skanowany” w poszukiwaniu delecji bądź duplikacji. Taka metoda ma swoje zalety i ograniczenia. Z jednej strony możemy przeszukać praktycznie cały genom, a z drugiej strony szukamy zmian w sekwencji DNA tylko o określonej wielkości, bo na to pozwala metoda. Test Nifty Pro analizuje delecje/duplikacje o wielkości powyżej 5 Mpz (milionów par zasad). Z kolei test Panorama skupia się na 5 najczęściej występujących delecjach: zespół DiGeorge’a, zespół delecji 1p36, zespół Cri du Chat (zespół kociego krzyku), zespół Angelmana / zespół Pradera Williego. Test Panorama do analizy delecji/duplikacji wykorzystuje technikę analizy SNP (ang. Single Nucleotide Polymorphism – polimorfizm pojedynczego nukleotydu). Polimorfizm pojedynczego nukleotydu to zjawisko, które polega na zmianie pojedynczego nukleotydu (A, T, C lub G) w sekwencji DNA. Taka zmiana w sekwencji kodującej genu może skutkować tym, że dany gen nie działa prawidłowo. Technika analizy SNP umożliwia wykrycie delecji, duplikacji, zamiany czy też insercji jednego nukleotydu w sekwencji DNA. Znając polimorfizmy charakterystyczne dla poszczególnych zespołów delecyjnych, możemy przeszukać genom pod kątem ich występowania.

Czyli reasumując – w kontekście zespołów delecyjnych / duplikacyjnych możemy w uproszczeniu powiedzieć, że test Panorama „bardziej szczegółowo” analizuje genom pod kątem 5 najczęstszych delecji, a test Nifty Pro przeszukuje genom pod kątem zespołów delecyjnych o rozmiarach większych niż 5 Mpz (czyli może znaleźć więcej delecji/duplikacji, ale tylko o określonym rozmiarze). Warto również dodać, że w obrębie danego, konkretnego zespołu delecyjnego mogą występować warianty o różnych rozmiarach. Możemy to prześledzić na przykładzie zespołu Cri du Chat (zespół kociego krzyku), w którym delecja (wypadnięcie, brak) fragmentu DNA może wynosić od 1 Kpz (tysiąc par zasad) nawet do 100 Mpz (milion par zasad), przy czym oba skrajne przypadki występują bardzo rzadko. Ponad 50% zespołów kociego krzyku do zmiany w zakresie 10-50 Mpz. Znając metodologię obu testów, wiemy więc, że w teście Nifty Pro możemy wykryć te warianty zespołu Cri du Chat, w których zmiana jest równa lub większa niż 5 Mpz. Podobnie będzie z innymi znanymi delecjami i tak np. w zespole DiGeorge’a ok.96% przypadków to delecje o rozmiarze do 3 Mpz, a np. w zespole Pradera-Williego/Angelmana w ok. 68% to delecje do 1 Mpz. Jeżeli chcesz dowiedzieć się więcej o zespołach delecyjnych – przeczytaj artykuł CO TO JEST DELECJA I ZESPÓŁ DELECYJNY. Różnice w zakresach analizowanych chorób genetycznych pomiędzy testami mogą mieć znaczenie np. w sytuacji gdy ze względu na wywiad rodzinny chcemy oprócz trisomii 21, 18 i 13, dodatkowo zwrócić jeszcze w badaniu uwagę na inną wadę genetyczną, jak chociażby zespół diGeorge’a. I decydujemy się na wykonanie testu NIPT przed inwazyjnym badaniem prenatalnym lub z powodu przeciwwskazań nie możemy lub musimy odłożyć w czasie diagnostykę inwazyjną. 

Co jeszcze różni oba testy?

Test Panorama jako jedyny test NIPT na rynku bada genom płodu pod kątem triploidii. Test Panorama może również określić zygotyczność bliźniaków (jedno-, dwujajowe) oraz wykryć znikającego bliźniaka. Oba testy można również wykorzystać dla ciąży bliźniaczych, ale w innym zakresie. Test Nifty Pro analizuje trisomie 21, 18, 13 oraz obecność chromosomu Y, a test Panorama trisomie 21, 13, 18, aneuploidie chromosomów płci, triploidie i zespół DiGeorge’a. Zespół DiGeorge’a jest określany tylko dla bliźniąt jednojajowych. Ponadto test Panorama jako jedyny test NIPT może określić płeć każdego z bliźniaków. Pozostałe testy, w tym Nifty Pro określają obecność chromosomu Y, co oznacza, że przynajmniej jedno z bliźniąt to chłopiec. Test Panorama ze względu na swoją unikalną technologię, może również wykryć znikającego bliźniaka oraz zaśniad groniasty.

Kolejną różnicą jest możliwość ubezpieczenia wyników testu Nifty Pro. Test Panorama nie ma takiej możliwości. Ubezpieczenie wyniku w Nifty Pro jest dobrowolne i bezpłatne, chęć ubezpieczenia należy zgłosić w momencie wypełniania formularza testu. Więcej o szczegółach tego ubezpieczenia przeczytasz w opisie testu Nifty Pro.

I na koniec – test Nifty Pro wykonywany jest w laboratorium firmy BGI w Hongkongu, a test Panorama w laboratorium firmy Natera w USA.

Test Panorama, test Nifty Pro – kiedy wykonuje się badania prenatalne?

Nieinwazyjne badania prenatalne jak test Nifty Pro czy Panorama zalecane są w szczególności gdy:

• wiek kobiety ciężarnej jest powyżej 35. roku życia
• wykryto nieprawidłowości w badaniu USG płodu oraz nieprawidłowe są wyniki testów biochemicznych, z czym wiąże się podejrzenie wystąpienia jednej z trisomii (21, 18, 13)
• wcześniej już urodziło się dziecko z wadą wrodzoną
• w rodzinie występują przypadki chorób o udowodnionym podłożu genetycznym
• u jednego z rodziców stwierdzono obecność zrównoważonej translokacji robertsonowskiej
• istnieją przeciwwskazania do przeprowadzenia inwazyjnej diagnostyki prenatalnej (np. mają zwiększone ryzyko poronienia, łożysko przodujące, zakażenie wirusem zapalenia wątroby typu B)
• w sytuacji niepokoju rodziców o zdrowie ich dziecka

Bibliografia

1. Dar P, Jacobsson R, Clifton R, Egbert M, Malone F, Wapner RJ, Roman AS, Khalil A, Faro R, Madankumar R, Edwards L, Strong N, Haeri S, Silver R, Vohra N, Hyett J, Demko Z, Martin K, Rabinowitz M, Flood K, Carlsson Y, Doulaveris G, Daly S, Hallingstrom M, MacPherson C, Kao C, Hakonarson H, Norton ME.  Cell-free DNA screening for prenatal detection of 22q11.2 deletion syndrome. Am J Obstet Gynecol. 2022 Jan 13, Epub prior to publication. https://doi.org/10.1016/j.ajog.2022.01.002
2. Ravi H, McNeill G, Goel S, Meltzer SD, Hunkapiller N, Ryan A, Levy B, Demko ZP. Validation of a SNP-based non-invasive prenatal test to detect the fetal 22q11.2 deletion in maternal plasma samples. PLoS One. 2018 Feb 23;13(2):e0193476. doi: 10.1371/journal.pone.0193476. 
3. Morrow BE, McDonald-McGinn DM, Emanuel BS, Vermeesch JR, Scambler PJ. Molecular genetics of 22q11.2 deletion syndrome. Am J Med Genet A. 2018 Oct;176(10):2070-2081. doi: 10.1002/ajmg.a.40504. PMID: 30380194; PMCID: PMC6214629.
4. Martin K, Iyengar S, Kalyan A, Lan C, Simon AL, Stosic M, Kobara K, Ravi H, Truong T, Ryan A, Demko ZP, Benn P. Clinical experience with a single-nucleotide polymorphism-based non-invasive prenatal test for five clinically significant microdeletions. Clin Genet. 2018 Feb;93(2):293-300. doi: 10.1111/cge.13098
5. Ryan A, Hunkapiller N, Banjevic M, Vankayalapati N, Fong N, Jinnett K, N, Demko Z, Zimmermann B, Sigurjonsson S, Gross S, J, Hill M: Validation of an Enhanced Version of a Single-Nucleotide Polymorphism-Based Noninvasive Prenatal Test for Detection of Fetal Aneuploidies. Fetal Diagn Ther 2016;40:219-223. doi: 10.1159/000442931
6. Wapner RJ, Babiarz JE, Levy B, Stosic M, Zimmermann B, Sigurjonsson S, Wayham N, Ryan A, Banjevic M, Lacroute P, Hu J, Hall MP, Demko Z, Siddiqui A, Rabinowitz M, Gross SJ, Hill M, Benn P. Expanding the scope of noninvasive prenatal testing: detection of fetal microdeletion syndromes. Am J Obstet Gynecol. 2015 Mar;212(3):332.e1-9. doi: 10.1016/j.ajog.2014.11.041.
7. Pergament E, Cuckle H, Zimmermann B, Banjevic M, Sigurjonsson S, Ryan A, Hall MP, Dodd M, Lacroute P, Stosic M, Chopra N, Hunkapiller N, Prosen DE, McAdoo S, Demko Z, Siddiqui A, Hill M, Rabinowitz M. Single-nucleotide polymorphism-based noninvasive prenatal screening in a high-risk and low-risk cohort. Obstet Gynecol. 2014;124(2 Pt 1):210-8. doi:10.1097/AOG.0000000000000363.
8. Lau TK, Cheung SW, Lo PS, Pursley AN, Chan MK, Jiang F, Zhang H, Wang W, Jong LF, Yuen OK, Chan HY, Chan WS, Choy KW. Non-invasive prenatal testing for fetal chromosomal abnormalities by low-coverage whole-genome sequencing of maternal plasma DNA: review of 1982 consecutive cases in a single center. Ultrasound Obstet Gynecol. 2014 Mar;43(3):254-64. doi: 10.1002/uog.13277. Epub 2014 Feb 10. PMID: 24339153.
9. Nicolaides KH, Syngelaki A, Gil M, Atanasova V, Markova D. Validation of targeted sequencing of single-nucleotide polymorphisms for non-invasive prenatal detection of aneuploidy of chromosomes 13, 18, 21, X, and Y. Prenat Diagn. 2013; 33(6):575-9. doi: 10.1002/pd.4103.
10. Lau TK, Jiang F, Chan MK, Zhang H, Lo PS, Wang W. Non-invasive prenatal screening of fetal Down syndrome by maternal plasma DNA sequencing in twin pregnancies. J Matern Fetal Neonatal Med. 2013 Mar;26(4):434-7. doi: 10.3109/14767058.2012.733768. Epub 2012 Oct 29. PMID: 23035860.
11. Dan S, Wang W, Ren J, Li Y, Hu H, Xu Z, Lau TK, Xie J, Zhao W, Huang H, Xie J, Sun L, Zhang X, Wang W, Liao S, Qiang R, Cao J, Zhang Q, Zhou Y, Zhu H, Zhong M, Guo Y, Lin L, Gao Z, Yao H, Zhang H, Zhao L, Jiang F, Chen F, Jiang H, Li S, Li Y, Wang J, Wang J, Duan T, Su Y, Zhang X. Clinical application of massively parallel sequencing-based prenatal noninvasive fetal trisomy test for trisomies 21 and 18 in 11,105 pregnancies with mixed risk factors. Prenat Diagn. 2012 Dec;32(13):1225-32. doi: 10.1002/pd.4002. Epub 2012 Nov 9. PMID: 23138752.
12. Lau TK, Chen F, Pan X, Pooh RK, Jiang F, Li Y, Jiang H, Li X, Chen S, Zhang X. Noninvasive prenatal diagnosis of common fetal chromosomal aneuploidies by maternal plasma DNA sequencing. J Matern Fetal Neonatal Med. 2012 Aug;25(8):1370-4. doi: 10.3109/14767058.2011.635730. Epub 2012 Feb 24. PMID: 22070770.
13. Lau TK, Chan MK, Lo PS, Chan HY, Chan WS, Koo TY, Ng HY, Pooh RK. Clinical utility of noninvasive fetal trisomy (NIFTY) test–early experience. J Matern Fetal Neonatal Med. 2012 Oct;25(10):1856-9. doi: 10.3109/14767058.2012.678442. Epub 2012 Apr 28. PMID: 22471583; PMCID: PMC3483059.