Co to jest test Nifty Pro i test Veracity?

Test Veracity i test Nifty Pro to nieinwazyjne badania prenatalne, które wykonuje się w celu oceny jakie jest prawdopodobieństwo wystąpienia u płodu wybranych chorób genetycznych (m.in. zespół Downa, zespół Patau czy zespół Edwardsa). Są to genetyczne badania przesiewowe, w których analizowane jest wolne, pozakomórkowe DNA płodowe, tzw. cffDNA (ang. cell free fetal DNA) obecne w krwi kobiety ciężarnej. Do wykonania obu badań potrzebna jest jedynie próbka krwi kobiety w ciąży, co sprawia, że test Nifty Pro i test Veracity są bezpieczne zarówno dla matki, jak i dla płodu.

Porównanie testów Nifty Pro i Veracity

Poniższa tabela porównuje różne cechy testu Veracity w najszerszej wersji (wariant IV) i testu Nifty Pro, w tym m.in.:

• kiedy można wykonać test Veracity i test Nifty Pro
• gdzie wykonywany jest test Veracity i test Nifty Pro 
• jaki jest czas oczekiwania na wynik testu Veracity i testu Nifty Pro
• jakie jest zakres chorób genetycznych, czyli co wykrywa test Veracity i test Nifty Pro
• jaka jest skuteczność, czułość testu Veracity i testu Nifty Pro

Test Nifty Pro a Veracity – jaki jest zakres badanych chorób genetycznych?

Jakie choroby genetyczne wykrywa test Nifty Pro, a jakie test Veracity?

Test Veracity i test Nifty Pro różnią się od siebie zakresem wykrywanych chorób genetycznych. 

Test Veracity to badanie w kierunku:

• 3 trisomii: trisomia 21 – zespół Downa, trisomia 18 – zespół Edwardsa, trisomia 13 – zespół Patau
• 5 aneuploidii związanych z chromosomami płci – zespół Turnera, zespół Klinefeltera, zespół Jacobsa, zespół XXX, zespół XXYY
• 4 delecji / duplikacji: zespół DiGeorge’a, zespół delecji 1p36, zespół Wolfa-Hirschhorna, zespół Smith-Magenis o wielkości powyżej 2,5 Mpz (miliona par zasad) 

Test Nifty Pro oznacza:

• 6 trisomii: trisomia 21 – zespół Downa, trisomia 18 – zespół Edwardsa, trisomia 13 – zespół Patau oraz trisomie: 9, 16 i 22 chromosomu
• 4 aneuplodie związane z chromosomami płci – zespół Turnera, zespół Klinefeltera, zespół Jacobsa, zespół XXX,
• 84 delecje /duplikacje o wielkości powyżej 5 Mpz (w tym zespół DiGeorge’a, zespół delecji 1p36, zespół Wolfa-Hirschhorna, zespół Smith-Magenis)

W obu przypadkach, tzn. w teście Veracity i NIFTY Pro można zbadać płeć płodu. 

Test Nifty Pro a Veracity – różnice i podobieństwa

Test Nifty Pro i test Veracity oceniają prawdopodobieństwo obecności trisomii 21, 18, 13 u płodu. Test Nifty Pro dodatkowo ocenia prawdopodobieństwo wystąpienia trzech innych trisomii u płodu – trisomii 22, 16, 9.

Co jeszcze mają wspólnego, a co różni oba testy?

Test Nifty Pro czy Veracity – jakie są podobieństwa?

Oba testy – test Nifty Pro i test Veracity to nieinwazyjne testy prenatalne, które można wykonać od 10. tygodnia ciąży. Służą one przede wszystkim do oceny ryzyka wystąpienia trzech najczęstszych trisomii 21, 18, 13 (zespół Downa, zespół Edwardsa, zespół Patau) u płodu. W tym zakresie, Nifty Pro i Veracity wykazują porównywalną, wysoką czułość, swoistość oraz skuteczność. Oba testy analizują również zaburzenia liczby chromosomów płci – 4 aneuplodie są takie same w obu testach: zespołu Turnera (monosomia X), zespołu Klinefeltera (XXY), zespołu Jacobsa (XYY), zespół XXX (trisomia chromosomu X). Test Veracity dodatkowo sprawdza prawdopodobieństwo wystąpienia zespołu XXYY. Oba testy – Nifty Pro i Veracity dają możliwość oznaczenia płci dziecka. Czas oczekiwania na wyniki obu testów jest porównywalny.   

Test Nifty Pro czy Veracity – jakie są różnice?

Test Nifty Pro oprócz trzech najczęściej występujących trisomii 21, 18 i 13, dodatkowo bada również trzy rzadsze trisomie 22, 16 i 9. Zarówno test Nifty Pro, jak i test Veracity określają prawdopodobieństwo obecności zespołów delecyjnych / duplikacyjnych u płodu, ale analizują to w innym zakresie. Jest to również związane z tym, że inna jest metodologia obu testów. Oba testu analizują wolne, pozakomórkowe DNA płodu lecz innymi technikami. W teście Nifty Pro wykonywane jest sekwencjonowanie genomu z wykorzystaniem technologii Sekwencjonowania Nowej Generacji (NGS, ang. Next Generation Sequencing). Dzięki temu genom płodu jest „skanowany” w poszukiwaniu delecji bądź duplikacji. Taka metoda ma swoje zalety i ograniczenia. Z jednej strony możemy przeszukać praktycznie cały genom, a z drugiej strony szukamy zmian w sekwencji DNA tylko o określonej wielkości, bo na to pozwala metoda. Test Nifty Pro analizuje delecje/duplikacje o wielkości powyżej 5 Mpz (milionów par zasad). Z kolei test Veracity skupia się na 4 częstych zespołach delecyjnych: zespole DiGeorge’a, zespole delecji 1p36, zespole Wolfa-Hirschhorna oraz zespole Smith-Magenis. Test Veracity do analizy delecji/duplikacji wykorzystuje analizy celowane. Ten rodzaj testów polega na tym, że analizuje się sekwencje nie całych chromosomów, czy całego genomu, ale sekwencje wybranych fragmentów DNA charakterystycznych dla danego genu (tzw. TACs, ang. Target Capture Enrichment). W teście Veracity są to fragmenty DNA specjalnie wyselekcjonowane dla wykrywania wymienionych 4 zespołów delecyjnych. Test Veracity umożliwia oznaczenie tych delecji, jeżeli ich rozmiar jest równy lub większy niż 2,5 Mpz. Dla porównania test Nifty Pro również wśród oznaczanych 84 delecji, daje możliwość wykrycia tych samych 4 zespołów co test Veracity, ale tylko jeżeli rozmiar delecji jest równy lub większy niż 5 Mpz. 

Czyli reasumując – w kontekście zespołów delecyjnych / duplikacyjnych możemy powiedzieć, że test Veracity analizuje genom, a właściwie chromosom 1, 4, 17 i 22, pod kątem 4 konkretnych delecji, którymi są: zespół DiGeorge’a, zespół delecji 1p36, zespół Wolfa-Hirschhorna, zespół Smith-Magenis. Z kolei test Nifty Pro przeszukuje cały genom pod kątem 84 zespołów delecyjnych o ile ich rozmiar przekracza 5 Mpz. A więc porównując zakresy – test Nifty Pro może znaleźć więcej delecji/duplikacji (84), ale tylko o określonym rozmiarze – powyżej 5 Mpz. Test Veracity nie przeszukuje całego genomu, a sprawdza chromosomy pod kątem 4 delecji o rozmiarze powyżej 2,5 Mpz. Musimy bowiem zdawać sobie sprawę, że w obrębie danego, konkretnego zespołu delecyjnego mogą występować warianty tego zespołu delecyjnego o różnych rozmiarach. Co powoduje, że w zależności od zakresu, możliwości danego testu, będzie on wychwytywał jedynie część, a nie wszystkie możliwe warianty danego zespołu delecyjnego (im mniejsza liczba Mpz, czyli większa rozdzielczość testu, czyli możliwość wykrycia większej liczby przypadków delecji).

Na przykład jeżeli prześledzimy znane przypadki osób z zespołem Smith-Magenis to:

• ponad 70% delecji w zespole Smith-Magenis dotyczy odcinka DNA o długości ok. 3,7 Mpz
• u ok. 25% osób z zespołem Smith-Magenis delecja ma niestandardowy rozmiar i może być większa lub mniejsza niż 3,7 Mpz (mieści się w granicach 1,5-9 Mpz)
• u 5% osób z tym zespołem występuje jedynie mutacja w genie RAI1. 

Widzimy więc, że w przypadku obu tych testów – Veracity i Nifty Pro, nie wszystkie przypadki delecji prowadzącej do zespołu Smith-Magenis mogą zostać uchwycone. Jeżeli test wykrywa delecje o rozmiarze 5 Mpz lub więcej, to nie wykryje delecji o rozmiarze 3,7 Mpz. Tak więc, w takim teoretycznym rozważaniu widzimy, że test Veracity mając możliwość wychwytu delecji powyżej 2,5 Mpz, może wychwycić więcej przypadków zespołu Smith-Magenis.

Podobnie może być również w przypadku innych zespołów delecyjnych np. :

• w zespole DiGeorge’a ok.96% przypadków to delecje o rozmiarze do 3 Mpz,
• w zespole delecja 1p36 ok. 40% przypadków to delecje o rozmiarze 3-5 Mpz,

a więc, nie mogą być one wykryte w teście, którego rozdzielczość to 5 Mpz lub więcej.

Reasumując – zaletą testu Nifty Pro jest możliwość analizy materiału genetycznego płodu w szerokim zakresie jeżeli chodzi o zespoły delecyjne (84 delecje o wielkości 5 Mpz lub więcej). Z kolei atutem testu Veracity jest analiza materiału genetycznego płodu pod kątem 4 zespołów delecyjnych, ale w większej rozdzielczości (2,5 Mpz lub więcej).

Jeżeli chcesz dowiedzieć się więcej o zespołach delecyjnych – przeczytaj artykuł CO TO JEST DELECJA I ZESPÓŁ DELECYJNY. Różnice w zakresach analizowanych chorób genetycznych pomiędzy testami mogą mieć znaczenie np. w sytuacji gdy ze względu na wywiad rodzinny chcemy oprócz trisomii 21, 18 i 13, dodatkowo zwrócić jeszcze w badaniu uwagę na inną wadę genetyczną, jak chociażby zespół diGeorge’a. I decydujemy się na wykonanie testu NIPT przed inwazyjnym badaniem prenatalnym lub z powodu przeciwwskazań nie możemy lub musimy odłożyć w czasie diagnostykę inwazyjną. 

Co jeszcze różni oba testy?

Test Veracity może również wykryć znikającego bliźniaka, test Nifty Pro nie daje takiej możliwości. Oba testy można również wykorzystać dla ciąży bliźniaczych, ale w innym zakresie. Test Nifty Pro analizuje trisomie 21, 18, 13 oraz obecność chromosomu Y, a test Veracity trisomie 21, 13, 18, obecność Y oraz 4 zespoły delecyjne.

Dodatkowo test Nifty Pro daje możliwość ubezpieczenia wyników testu. Test Veracity nie ma takiej opcji. Ubezpieczenie wyniku w Nifty Pro jest dobrowolne i bezpłatne, chęć ubezpieczenia należy zgłosić w momencie wypełniania formularza testu. Więcej o szczegółach tego ubezpieczenia przeczytasz w opisie testu NIFTY PRO.
I na koniec – test Nifty Pro wykonywany jest w laboratorium firmy BGI w Hongkongu, a test Veracity w laboratorium firmy NIPD Genomics na Cyprze.

Test Veracity, test Nifty Pro – po co wykonuje się badania prenatalne nieinwazyjne i kiedy je wykonać?

Nieinwazyjne badania prenatalne jak test Nifty Pro czy test Veracity wykonuje się po to, aby ocenić jakie jest ryzyko, że płód ma określoną chorobę genetyczną. Przede wszystkim chodzi o trzy najczęstsze trisomie: zespół Downa (trisomia 21), zespół Edwardsa (trisomia 18 ) i zespół Patau (trisomia 13). Dodatkowo, w zależności od testu można również sprawdzić prawdopodobieństwo innych chorób genetycznych jak np. aneuplodiie chromosomów płci, zespoły delecyjne, trisomie pozostałych chromosomów, triploidie. Warto pamiętać o tym, że test Nifty Pro i test Veracity, podobnie jak inne nieinwazyjne testy prenatalne są badaniami przesiewowymi, a nie diagnostycznymi. Oznacza to, że za ich pomocą możemy sprawdzić jakie jest ryzyko posiadania danej choroby genetycznej przez płód. Aby upewnić się i postawić diagnozę, taki wynik testu nieinwazyjnego, należy zweryfikować poprzez inwazyjne badania prenatalne. Zaletą nieinwazyjnych testów prenatalnych jest m.in. to, że możemy je wykonać już od 9-10. tygodnia ciąży (w zależności od testu), a więc jeszcze zanim możemy wykonać badania inwazyjne, a do badania jest jedynie potrzebna próbka krwi kobiety ciężarnej.

Kiedy w szczególności są zalecane nieinwazyjne badania prenatalne:

• gdy kobieta w ciąży ma powyżej 35 lat
• gdy wykryto nieprawidłowości w badaniu USG płodu oraz nieprawidłowe są wyniki testów biochemicznych, z czym wiąże się podejrzenie wystąpienia jednej z trisomii (21, 18, 13)
• jeżeli już wcześniej urodziło się dziecko z chorobą genetyczną
• jeśli w rodzinie występują przypadki chorób o udowodnionym podłożu genetycznym
• w przypadku zrównoważonej translokacji robertsonowskiej u jednego z rodziców 
• gdy istnieją przeciwwskazania do przeprowadzenia inwazyjnej diagnostyki prenatalnej (np. mają zwiększone ryzyko poronienia, łożysko przodujące, zakażenie wirusem zapalenia wątroby typu B)
• w sytuacji niepokoju rodziców o zdrowie ich dziecka

Bibliografia

1. Koumbaris G, Achilleos A, Nicolaou M, Loizides C, Tsangaras K, Kypri E, Mina P, Sismani C, Velissariou V, Christopoulou G, Constantoulakis P, Manolakos E, Papoulidis I, Stambouli D, Ioannides M, Patsalis P. Targeted capture enrichment followed by NGS: development and validation of a single comprehensive NIPT for chromosomal aneuploidies, microdeletion syndromes and monogenic diseases. Mol Cytogenet. 2019 Nov 21;12:48. doi: 10.1186/s13039-019-0459-8. PMID: 31832098; PMCID: PMC6873497.
2. Kypri E, Ioannides M, Touvana E, Neophytou I, Mina P, Velissariou V, Vittas S, Santana A, Alexidis F, Tsangaras K, Achilleos A, Patsalis P, Koumbaris G. Non-invasive prenatal testing of fetal chromosomal aneuploidies: validation and clinical performance of the veracity test. Mol Cytogenet. 2019 Jul 15;12:34. doi: 10.1186/s13039-019-0446-0. PMID: 31338126; PMCID: PMC6628499.
3. Neofytou MC, Tsangaras K, Kypri E, Loizides C, Ioannides M, Achilleos A, Mina P, Keravnou A, Sismani C, Koumbaris G, Patsalis PC. Targeted capture enrichment assay for non-invasive prenatal testing of large and small size sub-chromosomal deletions and duplications. PLoS One. 2017 Feb 3;12(2):e0171319. doi: 10.1371/journal.pone.0171319. PMID: 28158220; PMCID: PMC5291539.
4. Koumbaris G, Kypri E, Tsangaras K, Achilleos A, Mina P, Neofytou M, Velissariou V, Christopoulou G, Kallikas I, González-Liñán A, Benusiene E, Latos-Bielenska A, Marek P, Santana A, Nagy N, Széll M, Laudanski P, Papageorgiou EA, Ioannides M, Patsalis PC. Cell-Free DNA Analysis of Targeted Genomic Regions in Maternal Plasma for Non-Invasive Prenatal Testing of Trisomy 21, Trisomy 18, Trisomy 13, and Fetal Sex. Clin Chem. 2016 Jun;62(6):848-55. doi: 10.1373/clinchem.2015.252502. Epub 2016 Apr 26. PMID: 27117469.
5. Lau TK, Cheung SW, Lo PS, Pursley AN, Chan MK, Jiang F, Zhang H, Wang W, Jong LF, Yuen OK, Chan HY, Chan WS, Choy KW. Non-invasive prenatal testing for fetal chromosomal abnormalities by low-coverage whole-genome sequencing of maternal plasma DNA: review of 1982 consecutive cases in a single center. Ultrasound Obstet Gynecol. 2014 Mar;43(3):254-64. doi: 10.1002/uog.13277. Epub 2014 Feb 10. PMID: 24339153.
6. Lau TK, Jiang F, Chan MK, Zhang H, Lo PS, Wang W. Non-invasive prenatal screening of fetal Down syndrome by maternal plasma DNA sequencing in twin pregnancies. J Matern Fetal Neonatal Med. 2013 Mar;26(4):434-7. doi: 10.3109/14767058.2012.733768. Epub 2012 Oct 29. PMID: 23035860.
7. Dan S, Wang W, Ren J, Li Y, Hu H, Xu Z, Lau TK, Xie J, Zhao W, Huang H, Xie J, Sun L, Zhang X, Wang W, Liao S, Qiang R, Cao J, Zhang Q, Zhou Y, Zhu H, Zhong M, Guo Y, Lin L, Gao Z, Yao H, Zhang H, Zhao L, Jiang F, Chen F, Jiang H, Li S, Li Y, Wang J, Wang J, Duan T, Su Y, Zhang X. Clinical application of massively parallel sequencing-based prenatal noninvasive fetal trisomy test for trisomies 21 and 18 in 11,105 pregnancies with mixed risk factors. Prenat Diagn. 2012 Dec;32(13):1225-32. doi: 10.1002/pd.4002. Epub 2012 Nov 9. PMID: 23138752.
8. Lau TK, Chen F, Pan X, Pooh RK, Jiang F, Li Y, Jiang H, Li X, Chen S, Zhang X. Noninvasive prenatal diagnosis of common fetal chromosomal aneuploidies by maternal plasma DNA sequencing. J Matern Fetal Neonatal Med. 2012 Aug;25(8):1370-4. doi: 10.3109/14767058.2011.635730. Epub 2012 Feb 24. PMID: 22070770.
9. Lau TK, Chan MK, Lo PS, Chan HY, Chan WS, Koo TY, Ng HY, Pooh RK. Clinical utility of noninvasive fetal trisomy (NIFTY) test–early experience. J Matern Fetal Neonatal Med. 2012 Oct;25(10):1856-9. doi: 10.3109/14767058.2012.678442. Epub 2012 Apr 28. PMID: 22471583; PMCID: PMC3483059.