Sekwencjonowanie Nowej Generacji (NGS – z ang. Next Generation Sequencing) to bardzo czuła, o dużej przepustowości metoda ustalania kolejności nukleotydów w łańcuchu DNA. Dzięki NGS sekwencjonować można równolegle bardzo duże ilości fragmentów DNA o różnej długości, uzyskując w krótkim czasie nieporównywalnie większą ilość danych niż w przypadku stosowania sekwencjonowania metodą starszego typu. 

Pierwszym etapem jest powielenie materiału genetycznego w celu utworzenia bibliotek DNA. Mieszanina klonalnych fragmentów DNA jest następnie sekwencjonowana w przystosowanej do tego aparaturze. Ustalanie kolejności sekwencji przebiega w cyklach: matryca jest zalewana nukleotydami w porządku sekwencyjnym, a potem następuje efekt płukania. Sekwencje przyrastającego łańcucha DNA są rejestrowane cyfrowo. 

Na rynku dostępnych jest obecnie kilka rodzajów nowoczesnych platform do sekwencjonowania.