+48 881 20 20 20

Algorytmy analizy DNA

Sekwencjonowanie nowej generacji oraz użycie wielkoskalowej techniki sekwencjonowania całego genomu dostarczają ogromnych ilości danych. Informacje te poddaje się analizie z wykorzystaniem zaawansowanych algorytmów. Dzięki temu dotychczas niezorganizowane dane stają się użyteczne naukowo – można na ich podstawie utworzyć bazy danych, w których grupowane są informacje według określonych parametrów. Dzięki algorytmom analizy DNA udaje się również precyzyjnie odnajdywać określone miejsca w genomie, porównywać materiały genetyczne różnych osobników, tworzyć drzewa filogenetyczne. Do analizy DNA z całego genomu wykorzystywane są zaawansowane metody bioinformatyczne, w tym mikromacierze oligopeptydowe ekspresyjne, metylacyjne, sekwencjonowanie następnej generacji i spektrometria mas. 

Analiza sekwencji w DNA obejmuje następujące etapy:

  • Identyfikacja domen.
  • Przyrównanie sekwencji.
  • Przewidywanie struktury drugorzędowej.
  • Przewidywanie fragmentów nieustrukturyzowanych.
  • Przewidywanie białek membranowych.

W analizie podobieństwa sekwencji DNA i białek stosowane są algorytmy BLAST i FASTA oraz algorytmy do wielokrotnych dopasowań: algorytm średnich połączeń UPGMA, metoda najbliższego sąsiedztwa, metoda bootstrap. Algorytmy do wielokrotnych dopasowań
sekwencji DNA i białek obejmują m.in. programy Clustal, GeneDoc.

W analizie sekwencji białek wykorzystuje się bazy danych PROSITE, Pfam, PDB.

Do analizy filogenetycznej wykorzystywane są: metody konstruowania molekularnych drzew filogenetycznych, algorytm średnich połączeń UPGMA, metoda najbliższego sąsiedztwa, metoda bootstrap. 

 W analizie struktury drugorzędowej RNA wykorzystywane są: algorytm Nussinova optymalizacji ilości par zasad oraz algorytm Zukera optymalizacji energii swobodnej struktury RNA. 

Centrum Medyczne Meavita

Nasza lokalizacja

ul. Rusznikarska 14 lokal XX,
31-261 Kraków

Rejestracja pacjentów

pon – pt: 7:00 – 19:00, sb: 7:00 – 13:00
+48 881 20 20 20
+48 881 30 30 30
kontakt@meavita.pl

Fizjoterapia

mgr Ewelina Bijak
+48 881 03 03 07

mgr Dorota Steczko
+48 881 03 03 08

mgr Marta Węglińska
+48 881 03 03 09

mgr Konrad Węgliński
+48 881 91 91 60

fizjoterapia@meavita.pl

Infolinia testy prenatalne

+48 881 03 03 03

Poradnia psychologiczna

mgr Gabriela Czarnecka
+48 881 03 03 04

mgr Dorota Stachnik
+48 881 03 03 05

psychologia@meavita.pl

Inspektor Ochrony Danych

Łukasz Długosz
iod@meavita.pl

Nasze strony

Media społecznościowe

Współpraca

top