Ograniczenia testów NIPT (nieinwazyjne testy prenatalne, ang. Non-invasive Prenatal Testing) w ciąży bliźniaczej związane są z metodologią tych testów. Badanym materiałem genetycznym jest cfDNA (ang. cell-free DNA, wolne pozakomórkowe DNA) izolowane z krwi kobiety ciężarnej, które jest mieszaniną frakcji matczynej i frakcji płodowej (tzw. cffDNA, ang. cell-free fetal DNA, wolne pozakomórkowe DNA płodu). W ciąży pojedynczej frakcja płodowa w okresie 10-14 tyg. ciąży stanowi średnio 10-15% całego cfDNA krążącego w krwi matki. Ilość frakcji płodowej w ciąży bliźniaczej nie wzrasta dwukrotnie, a jedynie średnio 1,6 – 1,7 raza. To powoduje, że dostępna jest mniejsza ilość frakcji płodowej (cffDNA) do badania i ogranicza precyzję testu NIPT.