Rzeczywiście, nie zawsze jest możliwe wykonanie testu NIPT. Jedną z przyczyn jest zbyt niski udział frakcji płodowej wolnego pozakomórkowego DNA w krwi kobiety. Taka sytuacja zdarza się rzadko, jednak jest możliwa. Ponadto istnieją przeciwwskazania do wykonania badania NIPT. Należą do nich: zbyt niski wiek ciąży (poniżej 9. lub 10. tygodnia), ciąża mnoga powyżej 2 płodów (np. ciąża trojacza, czworacza itp.), ciąża u kobiety po przeszczepie szpiku kostnego bądź narządu oraz po transfuzji krwi, ciąża u kobiety chorej na nowotwór złośliwy oraz po przebytym nowotworze złośliwym, potwierdzone wady genetyczne u ciężarnej. Przeciwwskazaniem do wykonania testu NIPT mogą być również niektóre terapie, jak terapia komórkami macierzystymi, immunoterapia czy też stosowanie heparyny niskocząsteczkowej, zaostrzenia choroby autoimmunologicznej u kobiety będącej w ciąży, zespół zanikającego bliźniaka, czy też ciąża bliźniacza będąca wynikiem zapłodnienia in vitro z użyciem komórki jajowej dawczyni bądź w przypadku skorzystania z usług matki zastępczej. Jeżeli którakolwiek z wymienionych sytuacji ma miejsce, każdorazowo należy skonsultować się z lekarzem i laboratorium przeprowadzającym test.