Ograniczeniem dla wykonania testów NIPT w ciąży trojaczej jest zbyt niski udział frakcji płodowej (tzw. cffDNA, ang. cell-free fetal DNA, wolne pozakomórkowe DNA płodu) w całej puli cfDNA (ang. cell-free DNA, wolne pozakomórkowe DNA) krążącej w krwi kobiety ciężarnej. Udział frakcji płodowej nie zwiększa się proporcjonalnie do ilości płodów. Wg dostępnych danych udział cffDNA w całej puli cfDNA w ciąży trojaczej jest jedynie o ok. 7% wyższy w porównaniu do ciąży bliźniaczej. To powoduje, że ilość badanego materiału jest zbyt mała, aby przeprowadzić wiarygodny test NIPT obecnie dostępnymi metodami.

Na temat możliwości wykonania nieinwazyjnych testów w ciąży piszemy więcej w artykule WSKAZANIA I PRZECIWWSKAZANIA DO WYKONANIA BADANIA NIPT.