Ilość płodowego DNA (cffDNA, ang. cell free fetal DNA, wolne pozakomórkowe DNA płodu) zależy przede wszystkim od wieku ciąży. W ok. 10 tygodniu ciąży ilość cffDNA osiąga poziom, który pozwala na przeprowadzenie testu NIPT. Ponadto na ilość cffDNA może mieć również wpływ masa ciała kobiety będącej w ciąży (otyłość wpływa na obniżenie zawartości frakcji płodowej cfDNA w krwi ciężarnej) oraz wg niektórych danych choroby genetyczne płodu (głównie trisomia 18 i 13 oraz monosomia X) również wiążą się z niższym poziomem frakcji płodowej DNA.