W krwi osób z chorobą nowotworową krąży wolne pozakomórkowe DNA pochodzące również z komórek raka (nazywane ctDNA, ang. cell-free circulating tumor DNA). Co więcej, ilość ctDNA we krwi osoby chorej wzrasta wraz z rozwojem nowotworu. Bardzo często materiał genetyczny pochodzący z komórek nowotworowych jest zmieniony genetycznie i ma szereg mutacji.

Ponieważ w testach NIPT analizowane jest całe wolne pozakomórkowe DNA wyizolowane z krwi kobiety będącej w ciąży, istnieje ryzyko,że obecność ctDNA może wpłynąć na wyniki testu NIPT dając wynik fałszywie pozytywny. Czyli test NIPT wykaże wysokie ryzyko nieprawidłowości genetycznej u płodu, a w rzeczywistości dziecko jest zdrowe. W jednym z badań wykazano, że procent wyników fałszywie pozytywnych dla trisomii 21, 13 i 18 w przypadku obecności choroby nowotworowej u kobiety ciężarnej wynosi 15-19%. Dlatego też większość specjalistów nie rekomenduje przeprowadzania testów NIPT, jeżeli kobieta w ciąży choruje na nowotwór. Kolejną kwestią jest możliwość przypadkowego wykrycia nowotworu u kobiety w ciąży w związku z uzyskaniem nieprawidłowego wyniku testu NIPT. Każdy pozytywny wynik badania NIPT (oznaczający wysokie ryzyko wystąpienia wady genetycznej u płodu) powinien zostać zweryfikowany poprzez oznaczenie kariotypu płodu wykonując inwazyjne badanie prenatalne, np. amniopunkcję. Rozbieżność w wynikach, tzn. nieprawidłowy wynik testu NIPT, ale prawidłowy kariotyp płodu może, chociaż nie musi być spowodowana właśnie obecnością ctDNA w krwi kobiety ciężarnej, a więc obecnością niezdiagnozowanego, bezobjawowego w chwili wykonywania testu NIPT nowotworu.