Istnieją dane naukowe wskazujące na to, że stosowanie heparyny niskocząsteczkowej (LMWH, ang. low molecular weight heparin) może utrudniać, bądź uniemożliwiać przeprowadzenie testu NIPT.

I chociaż mechanizm wpływu heparyny na wyniki badania NIPT nie został jeszcze do końca poznany, niektórzy badacze sugerują, aby pobranie krwi w celu wykonania testu NIPT odbyło się jak najdalej w czasie od ostatniej dawki heparyny jak to jest tylko możliwe. Z drugiej strony stosowanie heparyny nie jest przeciwwskazaniem bezwzględnym do przeprowadzenia nieinwazyjnego testu prenatalnego. Dlatego też, w sytuacji stosowania heparyny przez kobietę ciężarną do tematu wykonania testu NIPT warto podejść na spokojnie i zdroworozsądkowo. Przede wszystkim należy poinformować lekarza o tym fakcie, a on w zależności od sytuacji doradzi najlepsze rozwiązanie. W razie wątpliwości można jeszcze dodatkowo skonsultować się z producentem testu czy też laboratorium, które ten test przeprowadza.