Do bezwzględnych przeciwwskazań do wykonania badania NIPT należą:

• zbyt niski wiek ciąży (w zależności od producenta poniżej 9. lub 10. tygodnia ciąży),
• ciąża mnoga, powyżej 2 płodów (np. ciąża trojacza, czworacza itp.),
  
• potwierdzone wady genetyczne u kobiety ciężarnej.

Istnieje również grupa wskazań względnych, które mogą stać się przeciwwskazaniem do zrobienia testu NIPT. To czy tak się stanie, zawsze wymaga indywidualnej konsultacji z lekarzem i laboratorium przeprowadzającym test. Zależy to od konkretnego stanu (np. kiedy była przeprowadzona i jaki rodzaj transfuzji krwi) oraz od metodologii testu NIPT.

• stan po przeszczepie szpiku kostnego, organu bądź po transfuzji krwi,
  
• choroba nowotworowa,
  
• choroba autoimmunologiczna np. toczeń układowy,
  
• zespół zanikającego bliźniaka,
  
• ciąża bliźniacza będąca wynikiem zapłodnienia in vitro z użyciem komórki jajowej dawczyni bądź w przypadku skorzystania z usług matki zastępczej,
  
• terapia komórkami macierzystymi, w której wprowadzono egzogenne DNA, terapia ludzką albuminą surowicy, terapia interferonem lub immunoglobuliną,
  
• stosowanie heparyny niskocząsteczkowej.