Może się zdarzyć, że test typu NIPT błędnie rozpozna płeć dziecka. Każdy z testów NIPT jest walidowany i ma określoną czułość dla rozpoznania płci. Dostępne na naszym rynku testy NIPT (np. Harmony, Nifty Pro, Nace, Sanco) mają czułość w zakresie identyfikacji płci płodu na poziomie pomiędzy 97,6, a 99,9%, co oznacza, że istnieje niewielkie prawdopodobieństwo błędnego rozpoznania płci. Waha się ono w zależności od producenta na poziomie 0,1-2,4%.