Przeciwciała przeciwjądrowe (ANA, ang. anti-nuclear antibodies) to białka produkowane przez nasz własny układ immunologiczny. Możemy w uproszczeniu powiedzieć, że są one autoprzeciwciałami, które są skierowane przeciwko naszym własnym elementom jądra komórkowego np. DNA oraz cytoplazmy. W wyniku ich produkcji dochodzi do rozwoju tzw. chorób z autoagresji, inaczej chorób autoimmunologicznych, czyli niekorzystnych działań układu odpornościowego skierowanych przeciwko naszemu własnemu organizmowi. Obecność przeciwciał przeciwjądrowych stwierdza się w przebiegu wielu chorób autoimmunologicznych, jak np. toczeń rumieniowaty układowy (SLE, ang. systemic lupus erythematosus) czy kolagenozy. Dokładny wpływ przeciwciał przeciwjądrowych na wyniki badania NIPT nie został jeszcze poznany. Wiadomo, że u osób z SLE poziom przeciwciał przeciwjądrowych jest bardzo wysoki, a jednocześnie u tych osób obserwuje się również wzrost poziomu cfDNA we krwi. Badacze sugerują, że to m.in. wysokie miano ANA może mieć wpływ na modyfikacje cfDNA w surowicy krwi osób chorych. Jak do tej pory jest to jedynie hipoteza wymagająca dalszej weryfikacji w badaniach naukowych.