Przetrwałe zakażenie HPV jest najistotniejszym czynnikiem ryzyka rozwoju raka szyjki macicy. Aż 99% raków płaskonabłonkowych szyjki macicy zawiera DNA wirusa HPV. Wirusy HPV zakażają warstwę podstawną komórek nabłonkowych skóry lub błon śluzowych. Infekcja HPV jest niezbędna do zapoczątkowania procesu nowotworzenia, jednak nie każda infekcja HPV prowadzi do rozwoju raka. Większość infekcji ma charakter przemijający, około 90% wygasa w ciągu 2 lat od zakażenia. U części kobiet infekcja przechodzi w fazę przetrwałą. Przewlekła infekcja wirusami HPV wysokiego ryzyka, wśród których znajdują się powszechnie występujące HPV 16 i 18, podwyższa ryzyko rozwoju raka szyjki macicy.