W przypadku każdego badania przesiewowego, a takim jest badanie NIPT (np. Harmony, Panorama, Nace, Nifty) istnieje niewielkie ryzyko otrzymania wyniku fałszywie ujemnego (negatywnego). Wynik fałszywie ujemny testu NIPT oznacza, że pomimo negatywnego (tzn. prawidłowego) wyniku testu dziecko urodziło się z wadą genetyczną. Przyczyną takiego wyniku może być m.in. mozaikowatość łożyska (nieprawidłowości genetyczne są ograniczone jedynie do komórek łożyska) czy też otyłość kobiety ciężarnej (zaburzone proporcje frakcji matczynej i płodowej cfDNA). Każdy test NIPT ma określoną czułość wykrywania nieprawidłowości genetycznych i nigdy nie wynosi ona 100%. Wyniki fałszywie negatywne zdarzają się rzadko, dla trisomii 21, 18, 13 średnio takie wyniki otrzymuje się w 0,02-0,26% przeprowadzonych testów.